過濾工藝設計時，應根據待過濾介質屬性及工藝目的，選擇合適的過濾器并確定過程參數。
除菌過濾工藝應根據工藝目的，選用0.22微米(更小孔徑或相同過濾效力)的除菌級過濾器。0.1微米的除菌級過濾器通常用于支原體的去除。
對無菌藥品生產的全過程進行微生物控制，避免微生物污染。最終除菌過濾前，待過濾介質的微生物污染水平一般小于等于10cfu/100ml。
選擇過濾器材質時，應充分考察其與待過濾介質的兼容性。過濾器不得因與產品發生反應、釋放物質或吸附作用而對產品質量產生不利影響。除菌過濾器不得脫落纖維，嚴禁使用含有石棉的過濾器。
合理的過濾膜面積需要經過科學的方法評估后得出。面積過大可能導致產品收率下降、過濾成本上升；過濾面積過小可能導致過濾時間延長、中途堵塞甚至產品報廢。
應注意過濾系統結構的合理性，避免存在衛生死角。過濾器進出口存在一定的限流作用。應根據工藝需要，選擇合適的進出口大小。
選擇過濾器時，應根據實際工藝要求，確定過濾溫度范圍、最長過濾時間、過濾流速、滅菌條件、進出口壓差范圍或過濾流速范圍等工藝參數，并確認這些參數是否在可承受范圍內。
藥品生產企業在選擇除菌過濾器供應商時，應審核供應商提供的驗證文件和質量證書，確保選擇的過濾器是除菌級過濾器。藥品生產企業應將除菌過濾器廠家作為供應商進行管理，例如進行文件審計或工廠現場審計、質量協議和產品變更控制協議的簽訂等。
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